2006年1月28日，科技部、教育部和上海市政府成立專家調查組并開始工作。在其后兩個多月的時間里，專家調查組針對舉報人對“漢芯”事件的舉報內容，采取與舉報人、當事人和相關人員面談、現場查驗技術文檔、分析對比有關技術資料、查驗芯片演示系統和調閱相關音像資料等方式方法，對“漢芯”系列一至四號芯片的設計過程和性能指標等進行了全面調查與核實。

       據調查，陳進負責的漢芯團隊所研制的“漢芯一號”，是一款208只管腳封裝的數字信號處理器（DSP）芯片，由于其結構簡單，不能單獨實現指紋識別和MP3播放等復雜演示功能。為了在上海市舉辦的新聞發布會上能夠達到所需的宣傳效果，陳進等預先安排在“漢芯一號”演示系統中使用了印有“漢芯”標識、具有144只管腳的芯片，而不是提供鑒定的208只管腳的“漢芯一號”芯片，調查表明，當時漢芯公司并沒有研制出任何144只管腳的芯片，存在造假欺騙行為。

       “漢芯二號”是受某公司委托定制的DSP軟核，漢芯公司完成了設計實現，但核心技術不為其所有。“漢芯三號”是對“漢芯二號”的簡單擴充，技術上與“漢芯二號”來源相同，由于缺乏必要的外圍接口，不能獨立實現復雜的應用，芯片實際情況與漢芯公司宣稱的“已經達到國際高端的DSP設計水平”的說法不符，夸大了事實。“漢芯四號”是一款使用了其他公司中央處理器的單核系統芯片（SoC)，不包含漢芯DSP核，與漢芯公司向有關部委提交的項目文件中關于“漢芯四號”是雙核芯片的陳述不符，存在夸大欺騙行為。